营改增后，以票控税的增值税链条已然打通，越来越多纳税人开具或取得增值税专用发票并通过增值税链条进行层层抵扣，经由利益诱惑虚开增值税专用发票的冲动更明显，虚开增值税专用发票违法案件呈现高发态势，市场交易规则时刻受到挑战。然而，针对不同案件情况，必须客观公正区分罪与非罪，确保刑法立法目的的实现。
《国家税务总局关于加强增值税征收管理若干问题的通知》明确规定了购进货物或应税劳务支付货款、劳务费用的对象。纳税人购进货物或应税劳务，支付运输费用，所支付款项的单位，必须与开具抵扣凭证的销货单位、提供劳务的单位一致，才能够申报抵扣进项税额，否则不予抵扣。该规定也被视为三流一致的源头文件，即销售方、开票方和收款方为同一主体，购买方、受票方和付款方为同一主体。
二审改判无罪案例
肖某是广东省A实业有限公司董事长兼总经理，其长子系该公司副总经理。销售员赵某在向A实业有限公司推销节能器材过程中，了解到肖某为了实现高额利润、制定调整计划，通过提髙现有设备价格向业内人士及客户展示公司经济实力，而达成此种目的需要购买一些伪造过的票据做为公司真实账目。面对高额利润，赵某向肖某表示，愿意提供赵某所需发票的请求。经过肖某与其长子商定，最后三人达成约定：由肖某按照虚开增值税发票面额千分之3.65的比例支付酬金给赵某，与此同时，向赵某提供了5份A实业有限公司与合作伙伴B公司购买设备的合同做样式。其长子在肖某的授意下，也根据A公司现有的设备数量虚列了相对应的设备清单，赵某根据此份清单从案外人余某处购买了伪造的增值税专用发票，并以公司对公账户向受票单位开具了发票。一审法院根据虚开金额对A实业有限公司与肖某及长子进行判决。当事人上诉，二审改判无罪。
被告人肖某辩护律师主张：1、被告单位A实业有限公司并没有抵扣税款的主观故意，实施上述行为只是为了彰显公司实力，希望能在与外商谈判中处于更有利的地位而实施了虚开增值税发票的行为，但是，该公司的行为并不构成犯罪；2、被告单位A实业有限公司根本没有利用增值税专用发票抵扣联的主观故意与行为，一般纳税人购进设备固定资产系属不允许抵扣进项税范围，即便取得了增值税发票，国家税款在当时也不会造成损失；3、刑法上的“虚开”是狭义上的“虚开”，仅仅指违反国家税收征管秩序，造成国家税收征收危害的行为，“如实代开”并没有侵犯本罪的客体，不属于刑法意义上的“虚开”。二审法院采纳辩护人观点，最后作出无罪判决。