在企业犯罪的刑事责任中，一方面要看到刑事合规的引入具有独特价值，另一方面也要考虑其是否能够经过制度检测，契合刑事政策的目标。刑事合规是否能够被传统刑法的体系所包容和接纳以及在本质上是否契合刑法的整体发展脉络和保持自身逻辑自洽等问题的解决，关乎刑事合规能否真正地融入刑法体系，进而以刑事思维去解决和处理。正当性的考虑是刑事合规得以融入我国刑法体系的前提和法门，是刑事合规制度在本土构建的基石，关乎未来企业犯罪治理的收效刑事合规的价值和意义不仅利于区分个人意志和企业意志、减轻公诉机关证据搜集的负担，而且有利于保证刑法基本原则的实现，对于企业的稳定长续发展大有裨益。
刑事合规的引入不仅可以解决企业犯罪刑事责任认定中混淆企业主体意志、忽视企业独立人格等问题，更为重要的是，通过问题的解决，有利于保证罪责自负、罪刑相适应、刑法平等原则等实现。针对责任认定混淆企业主体意志的问题，刑事合规主张从企业主体出发，有意分割企业和自然人意志，有利于保证罪责自负原则的实现。具体表现为：第一，若犯罪行为是内部员工自我决策意志所导致的，且企业已明确实施了有效的合规计划（如制定了完备的风险管控机制、定期进行法令意识培训、印发禁止事项的宣传手册、组建有效的合规监管部门）且无过失注意义务，这就表明员工的犯罪行为是违背企业意志的，其实施的犯罪行为与企业无关，企业可以免责。第二，若犯罪行为是由于企业自身的决策、文化氛围或未履行合规义务所导致的，那么企业具有故意或过失，则应予归责。第三，犯罪行为发生后，企业也存在过失或监督失职义务，但企业在事中或事后积极配合及弥补过错，则应减轻责任。这三种情况都是刑事合规在实务中的实践操作，从这些实务的处理和做法中可以提炼出一核心要点——尊重和凸显企业自身的意志，考量企业的法规范忠诚度及可谴责性程度，并以此作为归责的依据，这种归责理念和做法无疑便于在企业犯罪的具体认定中区分个人意志和单位意志，保证罪责自负原则的实现。正如孙国祥教授所说“企业的行为是其意志在客观外部的表现形式，在对企业犯罪进行责任认定时理应严格根据企业行为来进行判断和审视，这样法律的威慑力及价值才能更具有针对性和适法性，法律的教义逻辑和体系构建才能更为严谨和自洽，才能保证罪责自负原则的实现”。