不可否认，企业合规改革试点工作具有里程碑意义。一方面，试点工作的逐步推广标志着检察机关开始有序介入企业治理和社会治理；另一方面，试点首次将多元主体引入企业犯罪的协同治理。但是在实践中，基于刑事激励的企业合规仍存在诸多不足，无论是在企业合规刑事激励的制度安排，还是在正向激励方式的类型以及负向激励机制的运行等方面，都存在一些带有普遍性的问题。
企业合规刑事激励的制度安排不当：企业合规的双重属性分别引出两种不同的实践路径，即以正向激励促进企业合规自律的进路和以负向激励实现企业合规他律的进路。当然，两条进路在本质上是对立统一的，“企业合规管理体系建设”与“企业合规制度建设”本属于企业合规的一体两面。在理想的制度安排下，正向与负向激励必然交互作用，涉案企业与国家的博弈最终将趋于缓和，进而实现社会利益的帕累托最优。然而，以检察机关作出合规不起诉或起诉决定为节点进行观察，则会发现企业合规刑事激励在制度安排上存在明显不当。
检察机关作出合规不起诉或起诉决定前，涉案企业受到的负向激励明显大于正向激励。在近年的刑事法研究中，有关保护民营企业及其经营者人身和财产安全的讨论涉及到拘留、逮捕、查封、冻结、扣押等多个环节。对自然人采取强制措施的本意在于保障刑事诉讼程序的顺利进行，但在实践中却发生功能异化，“威慑和警戒”及“防止继续犯罪”之功能反而在实践中得以发挥。对单位采取的“对物强制措施”亦同理。检察机关虽然强调对符合条件的企业和企业经营者可以不批捕或不起诉，并引入第三方机制加以辅助判断，但目前尚无证据表明上述强制性措施在企业合规案件中的适用已被严格限制。即便第三方机制能够发挥实效，但在一般情况下，检察机关只有在审查批捕时才会介入案件并商请启动该机制，而涉案企业的合规整改及第三方组织开展的合规考察均需耗费大量时间。换言之，现有的制度和机制决定了第三方机制的介入无法为涉案企业提供及时的正向激励。
检察机关作出合规不起诉决定后，涉案企业受到的正向激励明显大于负向激励。合规不起诉属于典型的正向激励，在未来，有效的合规计划还可能发成为企业犯罪案件中的量刑情节，检察机关可据此提出宽缓量刑建议。相较于此，负向激励在这一阶段却呈现“失语”状况。根据最高人民检察院在2021年发布的四个企业合规改革试点典型案例可知，在合规不起诉的案件中，若违规经营行为能够为前置行政法所评价，则由相应行政机关给予行政处罚，这是因为在一般情况下，行政法规范是判断企业是否构成刑事犯罪的前置法，但由此一来，这相当于以行政制裁替代刑事制裁，无论是在性质抑或是在处罚方面都有显著差别。此外，合规不起诉的适用还会阻却其他制裁措施的适用。例如，检察机关会在部分企业犯罪案件中提起刑事附带民事公益诉讼，并提出惩罚性赔偿的诉讼请求，但在刑事诉讼不存在的情况下，附带民事公益诉讼自然无法被提起。就这一阶段而言，“罚不及罪”恐成为企业合规实践中的致命缺陷。
刑事合规不起诉案例分析：2016年1月至2016年11月，Y公司、唐某以骗取税款为目的，在无真实运输业务的情况下，通过他人虚开增值税专用发票27份，虚开税款合计人民币18.6万余元，上述发票均由Y公司向税务机关申报抵扣税款。案发后，Y公司补缴全部税款。唐某主动向侦查机关投案，如实供述犯罪事实，自愿认罪认罚。
2019年10月，侦查机关以Y公司、唐某涉嫌虚开增值税专用发票罪，向某市人民检察院移送审查起诉。审查起诉过程中发现，Y公司存在财务管控不规范、内部管理有漏洞、危废处理不合规等刑事风险点。检察机关针对上述风险点，向税务局、安全环保局、社会保障局等单位进一步了解核实相关情况。
2020年1月，检察机关建议Y公司在财务制度、危废处理、日常管理等方面加强刑事合规建设。Y公司邀请企业刑事合规专业律师担任公司独立合规审查专员，对公司进行合规评测，围绕企业运管、生产经营、财税申报、环保处置、应急管理等方面建立完善相关制度20余项。
2020年4月，检察机关召开不起诉案件公开审查听证会，邀请侦查机关代表、人民监督员、特约检察员等参加。与会人员一致认为，Y公司、唐某的行为构成虚开增值税专用发票罪，但虚开的税款数额不大、情节轻微、及时补缴了全部税款，且具有自首、认罪认罚等从轻、减轻情节，可以对Y公司、唐某作相对不起诉处理。次日，检察机关依法对Y公司、唐某宣告相对不起诉决定。
