1、适当区分企业犯罪与企业负责人犯罪如前所述，由于难以区分涉企案件中单位和个人主观过错，当前实践中普遍采用对涉罪企业和主要负责人的混同处理或“放过企业，严惩责任人”的做法。正如陈瑞华教授所言，“企业合规不等于企业家合规”。对企业犯罪和企业负责人犯罪不加区分适用，面临着不当适用企业合规刑事激励机制和不当出罪自然人的双重风险。因此，在对符合合规条件的涉罪企业适用合规不起诉制度的同时，企业的负责人员如主动承认自己的罪行，愿意接受刑事处罚建议，认罪态度好、愿意积极整改的，可以作为量刑从宽的情节予以考虑。在这里，是对企业和个人的责任做出适当分离的基础上，将企业合规作为责任人员出罪或从轻、减轻处罚的情节，将其纳入企业合规整改考察体系，以推动企业进行刑事合规的积极性。但将企业合规适用于负责人员应仅限于与企业市场经营行为相关的犯罪，与企业经营无关的个人犯罪不应纳入企业合规从宽情节体系中。
2、涉罪企业合规不起诉适用于中小微企业在国内的大中型企业中，企业合规本应属其组织体系和结构的组成部分。相对而言，对其实施较为全面的合规整改，聘请专业的第三方监管机构跟进、监督和评估，具有一定的可行性。但对于小微企业，全面合规就意味着过高的经营成本。当建立企业合规的成本，超过企业正常经营的负荷，那么不起诉的保护作用难以实现应有效能。要实现企业合规的本土化，首先应考虑合规的大众面向，合规的全面推广才能真正做到优化营商环境。随着企业合规的多元发展，企业合规的方式也应适当“去贵族化”，为中小微企业提供企业合规的机会。因此，中小微企业的合规无须大而全，而是具有针对性和现实执行性，可以根据涉及的罪名和情节严重程度，确定刑事合规计划的具体内容。如以建立 1—3 个月不等相对较短的合规考察期，制定更为简化的专项企业合规计划，如无须聘请第三方监管机构，直接由检察机关或者行政机关督促合规建设与评估等。当然，除了要考虑中小微企业的合规计划特殊性外，还应当尊重其进行合规的自愿性。
3、建立层次性的企业合规有效性标准企业刑事合规计划的有效性判断，并非简单地对照标准进行评估，而是围绕企业治理合规体系的整体性与科学性的规划。首要前提是确立刑事合规计划的制定原则，针对不同的犯罪类型和企业规模，设置层次性的评价标准。一方面，对于规模较大的涉罪企业，合规评价标准可以从合规计划的制定、实施效果到持续性跟进等三个方面进行评估。计划制定的内容包括：（1）风险识别；（2）规章制度；（3）审计与会计审核；（4）日常培训与沟通；（5）举报与报告；等等。实施包括：（1）高层决策；（2）组织机构；（3）问责与奖惩等。持续跟进包括持续改进的能力和企业合规文化等。应当说，这一标准实际包括了刑事合规计划的制定环节的有效性、执行的有效性。另一方面，对于中小微企业，合规的评价标准应具有针对性，围绕涉及的罪名、情节对重点风险领域制定合规工作计划，通过完善生产经营监管流程，集中加强风险点的自我检查，参与相关的企业合规、合法经营的法律培训等，实现精准化、高效的合规治理整改。同时，缩减第三方机制考察规模，以最大化降低合规成本。
4、建立常态化的监督回访机制从目前的发展情况看，中国要建立起相对较长的企业合规考察周期的可能性较小。这就意味着，在完成企业合规的评估考察工作、检察机关做出不起诉决定后，企业恢复正常运转，合规计划的执行实施和改进由企业自我管理。但合规运营对以营利为目标的企业而言始终是一项负担。因此，要确保企业合规制度建设的长期有效，还需要公权力机关外部监督的支持。除了相关行政主管部门的日常检查外，检察机关可以设立“随机 + 定向”的监督回访机制，联合行政部门对已经完成合规整改的企业进行监督回访，尤其是针对已涉罪领域进行风险排查，如发现合规整改落实不到位，或者未及时修正合规计划的，可以向企业制发检察建议，推进企业开展合规建设，对企业的合规情况进行常态化的监管，在更广泛领域发挥检察机关在提高社会治理效能方面的作用。